Nascido em Pittsfield, Massachusetts, em 28 de outubro de 1847, o Sr. Thompson era filho de Alonzo D. e Cornelia (Roosevelt) Thompson. Passou a infância em Fremont, Ohio, onde estudou nas escolas públicas.

Em 1864, o Sr. Thompson mudou-se para Nova York e começou a trabalhar para William J. Carlton como contador e assistente geral em uma pequena agência de publicidade.

Depois de se tornar um angariador de fundos para a agência, comprou a empresa de seu empregador, renomeando-a para J. Walter Thompson Company, em 1878. Ele é reconhecido como o primeiro a perceber a importância das páginas finais e das capas das revistas para fins publicitários.

Em seus primeiros anos, ele obteve contratos para essas capas traseiras e as revendia para empresas. Isso levou à construção de um conglomerado que se tornou dominante no ramo da publicidade em revistas.

Em certo momento, o Sr. Thompson foi diretor de várias corporações aqui. Em 1916, ele vendeu sua participação e rompeu seu vínculo com a empresa de publicidade, dedicando-se à administração de seus negócios pessoais.

O Sr. Thompson casou-se com Margaret Riggs Bogle, filha de James Bogle, pintor de retratos e membro da Academia Nacional de Design, em Nova York, em 1879. Ele foi membro da Câmara de Comércio de Nova York, do Iate Clube de Nova York, do Clube Atlético de Nova York e do Clube de Jogadores desta cidade.

O funeral, que foi privado, ocorreu na capela da Igreja Episcopal de St. James, na Avenida Madison com a Rua 71. O Reverendo Dr. Frank Crowder, reitor da igreja, oficiou a cerimônia. O sepultamento foi no Cemitério Woodlawn.